Lukuvuonna 2000–2001 alakoulussa toimivat luokat 1–6. Oppilaita oli yhteensä 102, joista 60 oli tyttöjä ja 42 poikia. Maahanmuuttajien määrä oli noussut hieman, kuuteentoista oppilaaseen, joista poikia 11 ja tyttöjä 5. Maahanmuuttajia opetettiin kahdessa eri ryhmässä. Osa heistä oli venäjänkielisiä, jotka saivat tuettua opetusta omalla äidinkielellään. Myös englannin kielessä oli oma opetusryhmä.
Kieliopetukseltaan "Synkkari" olikin kaupungin monipuolisin opinahjo. Ensimmäisenä vieraana kielenä opiskeltiin paitsi englantia, myös kaupungin ainoana opetuspaikkana ranskaa. Toisen vieraan kielen tarjottimeen kuuluivat englannin lisäksi ranska ja saksa. Näiden lisäksi kielivalikoima laajeni 2000-luvulla myös "vieras kieli äidinkielenä" -ryhmän opetuksena darin, farsin, espanjan, kurdin, ruotsin, saksan ja venäjän kielissä. Vuosikymmenen puolivälissä opetusta sai jopa flaamin/hollannin, kurdin ja thain kielissä. Suomea vieraana kielenä opetettiin Cygnaeuksella satoja tunteja vuodessa. Työllistämisvaroin saatiin palkattua kahdelle oppilaalle henkilökohtainen avustaja ja kaksi kieliavustajaa. Koulun toiminta-ajatukseksi määriteltiin lapsen kehityksen tukeminen "ajattelevaksi, toimivaksi ja tuntevaksi ihmiseksi".
Oppilaille ja opettajille vaihtelua kouluarjen rutiineihin toivat leirikoulut. Esimerkkinä tästä toiminnasta käyköön syyskuussa 2000 toteutunut nelosluokkalaisten yhden yön leirin Hangasjärven kämpällä Tikkalan kylässä Korpilahdella. Retken ohjelmassa oli mm. suunnistusta, vuolemista, ruuan laittoa, nuotion ja saunankiukaan sytyttämistä sekä iltanuotiolla tulistelua. Muun puuhan ohella järjestettiin myös kalastuskilpailut ongilla. Illalla toteutui myös useiden oppilaiden varmasti pitkään odottama iltadisco. Leirikouluun valmistettiin koulun keittiössä kaksi lounasta, mutta loput syömiset valmistettiin leirikoulussa itsenäisesti. Tämäkin autiotuvalla vietetty yö lienee syöpynyt useimpien osallistujien mieliin loppuiäksi.
Lähialueen retkien lisäksi Cygnaeuksella vaalittiin pitkiä perinteitä Viron suuntaan. Ystävyysvierailuja Veeriku-koulun kanssa Tartoon tehtiin puolin ja toisin. Lisäksi jatkettiin jo edellisen vuosikymmenen lopulla alkanutta EU-yhteistyötä viiden muun ulkomaisen koulun kanssa. Nämä oli Picklenash Junior School (Englanti), Leghterton County Primary School (Englanti), Scuola Media Fermi (Italia), Scuola Media Statale Caio Guillo Cesare (Italia) ja C.P. Alcaravaneras (Espanja). Jälkimmäiseen järjestettiin 2000-luvun mittaan myös opettajavierailuja.
Kristillinen linja siirtyy yksityiskouluksi
Hallinnollisesti Cygnaeuksen koulun yhteydessä toimintu Kristillinen koulu määritteli vuonna 2000 opetussuunnitelmassaan opetuksensa "kohtaamisen pedagogiikaksi". Ajatusta luonnehdittiin tähän tapaan:
Elämä voidaan nähdä kohtaamisena. Ihminen on vuorovaikutuksessa ympäristönsä kanssa. Hän jäsentää itsensä suhteessa Jumalaan, luontoon, yhteiskuntaan, lähimmäiseen ja omaan itseensä. Persoonallinen suhde ja kohtaaminen ympäristön kanssa ovat hyvän kasvun avaimia. - - Kristillisessä koulussa lasta autetaan tukemaan tietoiseksi omista tunteistaan, tarpeistaan ja suhtautumistavoistaan sekä ottamaan nämä asiat huomioon myös suhteessa toisiin. Kasvatus on kohtaamisen opettelemista ja suhteiden rakentamista. Sen vuoksi käsite kohtaamisen pedagogiikka kuvaa parhaiten koulun kasvatusajatusta.
Kristillinen linja siirtyi Cygnaeukselta vuonna 2001 Viitaniemen koulun yhteyteen. Linja sai vuonna 2004 valtioneuvostolta opetuksenjärjestämisluvan luokille 1–6, jolloin se alkoi toimia virallisesti itsenäisenä yksikkönään, Jyväskylän kristillinenä kouluna. Tuolloin siellä opiskeli 97 oppilasta. Vuonna 2006 oli jälleen edessä muutto, tällä kertaa Kilpisen koululle. Vuonna 2008 se sai toistaiseksi voimassa olevan opetuksenjärjestämisluvan myös yläkoulun 7.–9. luokille. Paluu Cygnaeukselle oli vuorossa sitten vuonna 2015, jolloin koulu alkoi toimia 1960-luvulla rakennetussa uudemmassa koulurakennuksessa. Oppilaita tuona vuonna oli jo 192 ja vuonna 2022 peräti 277.
Pinkki koulu suljetaan sisäilmapulmien vuoksi
Kuva: Koulun vanhemmat toimivat aktiivisesti sen puolesta, että hyväksi koettu Cygnaeuksen koulu voisi jatkaa sekä lähikouluna, musiikkipainotteisen opetuksen kouluna ja kielikouluna sekä kristillisen linjan sijoituspaikkana. Keskisuomalainen.
Vanha päärakennus säilyi koulukäytössä 2000-luvun puoliväliin saakka. Viimeistään 2000-luvun alussa osa oppilaista ja opettajista oli alkanut valittaa koulurakennuksen sisäilmasta. Aluksi harkinnassa olikin Cygnaeuksen iso remontti. Lopulta Cygnaeuksen ala-asteen lakkautuspäätös tehtiin osana isoa kouluverkkouudistusta vuonna 2005. Samassa yhteydessä päätettiin lakkauttaa myös Voionmaan koulu ja näiden kahden koulun peruskorjaushankkeet haudattiin. Sen sijaan kaupunki päätti toteuttaa Viitaniemen koulun peruskorjauksen. Cynkkarin kohtaloksi koituivat paitsi sisäilmaongelmat, myös täysin erilainen lapsiluvun kehitys verrattuna aikaan, jolloin koulu oli alunperin rakennettu. Lasten määrä oli vähentynyt tuntuvasti keskusta-alueelta, Mäki-Matista, Nisulasta ja muualtakin Cygnaeuksen ala-asteen vaikutusalueelta. Oppilasmäärä oli tässä vaiheessa laskenut vuosikymmenen alusta reilusti yli sadalla.
Erityisopettaja Hanna Suutarinen muisteli, kuinka ala-asteen lakkautuspäätös tuli yllättäen ja sokkina. Siihen saakka muutoksia oli esitetty, mutta rehtori Asikaisen kanssa ne oli kaikki muutettu koulun vahvuuksiksi. Henkilökunnan yhteisöllisyys oli vahvistunut. Suutarinen muistaa, kuinka "muutama viikko ennen Cygnaeuksen alakoulun lakkautuspäätöstä olimme Voionmaan yläkoulun kanssa viikonlopun yhteisessä koulutuksessa, jossa suunnittelimme kokulujemme toimintaa jatkossa yhtenäiskouluna. Tieto Cygnaeuksen koulun lakkauttamisesta tuli heti kyseisen koulutuksen jälkeen yllätyksenä ja se toteutettiin nopeasti. Cygnaeuksen koulun oppilaat ja opettajat joutuivat tämän jälkeen työskentelemään ahtaissa ja puutteellisissa tiloissa. Koulun historiaa lastattiin tuolloin sekä symbolisesti että konkreettisesti vauhdilla jätelavalle."
Päätöksen seurauksena myös ala-astetoiminnan jälkeinen vakituinen opetustoiminta vanhassa rakennuksessa lakkasi lukuvuoden 2006–2007 päätteeksi, kun Viitaniemen koulu muutti sieltä uudistettuun koulurakennukseensa. Tämän jälkeen Cygnaeuksen koulu toimi väistökouluna ja myös sen pihalla oli viipalekoulurakennuksia. Koulurakennukseen tehtiin vielä vuonna 2005 keittiön, vesikaton, salaojien ja kattovesikaivojen kunnostusta ja vuonna 2009 sisäilmaan liittyviä perusparannustöitä. Väistökouluvuosina siellä opiskeli Keltinmäen ja Vaajakosken koulujen sekä Viitaniemen yläkoulun oppilaita, heidän vakituisten koulujensa ollessa remontissa tai uusien koulujen ollessa rakenteilla. Tämä oli kuitenkin vain lyhyt välivaihe ja lopulta vanha "Synkkari" jäi koulukäytöstä kokonaan pois.
Kuva: Vaaleanpunaisen päärakennuksen jäätyä pois käytöstä yhdyskäytävä uudisrakennukseen katkaistiin ja sen luokka- ja käytävätilat remontoitiin betonipintaa myöden. Kuvaaja Rene Valkonen, Wikipedia.
Päätöstä siivitti se, että väistötilana Cygnaeuksen rakennuksia käyttäneet vaajakoskelaiset olivat alkaneet oireilla huonon sisäilman takia. Nurinkurista kyllä, Vaajakosken koulusta oli paettu juuri sisäilmaongelmia Cygnaeukselle, jossa samat ongelmat tulivat siis myös vastaan. Cygnaeuksen koulun vanhoissa tiloissa opiskeltiin tuona talvena ikkunat auki, kengät jalassa ja takit päällä. Vielä joulukuussa 2009 ja kevättalvella 2010 koulukeskuksessa tehtiin korjaustöitä. Joidenkin luokkatilojen rakenteita tiivistettiin, ongelmarakenteiden materiaaleja vaihdettiin ja tiloja desinfioitiin. Kun korjailuilla ei saavutettu parempaa sisäilmaa, rakennettiin pihamaalle kesällä 2010 viipaleet korvaamaan koko vanhaa Cygnaeuksen koulua ja osaa 1960-luvun rakennuksen tiloja. Vaajakoskelaiset koululaiset opiskelivat viipalerakennuksissa tammikuuhun 2012 saakka. Sen jälkeen parakkeihin siirtyivät puolestaan Huhtasuon alakoulun oppilaat, joiden väistötila-aika kesti kevääseen 2015 saakka. Syksyllä 2012 Cygnaeuksen kouluun muuttivat puolestaan Huhtaharjun koulun oppilaat.
Mitä tehdä arvokkaalle tontille ja tyhjenevälle koulutilalle?
Täydennysrakentamista keskusta-alueelle suosinut kaupunki harkitsi vanhaan koulumiljööseen radikaalia muutosta. Kaavoitusohjelmassa uusien asuin- ja pienkerrostalojen alueeksi oli merkittynä myös Cygnaeuksen koulun piha. Cygnaeuksen vanhan koulun pihaan harkittiinkin 2000- ja 2010-luvuilla asuin- ja pienkerrostalojen rakentamista. Jyväskylän kaupungin silmissä kimmelsivät rakennuksen ja tontin myynneistä rakennusliikkeiltä saatava raha. Suojellun entisen Cygnaeuksen koulurakennuksen lähelle visioitiin lennokkaimmilaan jopa puolenkymmentä kerrostaloa. Keski-Suomen museo antoi ymmärrettävästi tiukkaa kritiikkiä kerrostalojen sijoittamisesta suojellun arvotalon pihamaalle. Näinä ahkeran visioinnin vuosina esitettiin myös rakennuksen muuttamista senioriasumiskeskukseksi ja toimistotiloiksi.
Oppilaat, opettajat ja koko muu koulutyö jättivät siis Cygnaeuksen vanhan rakennuksen vuonna 2010, mutta purkaakaan rakennusta ei onneksi saanut. Se oli saanut näet suojelumerkinnän Keski-Suomen museon johtaja Risto Koskisen esitettyä syyskuussa 1997 asemakaavan muutosta. Elämää ylläpitämään koulun pihamaalla jäivät väistötiloviipaleita käyttäneet toiset koulut sekä toimintaansa vuoden 1961 rakennuksessa jatkaneet kristillinen koulu ja Cygnaeuksen päiväkoti. Cygnaeuksen päiväkoti aloitti toimintansa 2015, jatkaen kesäkuuhun 2024. Vanha suojelurakennus jäi sen sijaan vuosina 2019–2025 vaille opetus- ja koulukäyttöä. Tuona aikana rakennuksesta katkaistiin sähkötkin.
Harmeja tyhjänä seisoneelle talolle aiheutti ilkivalta. Vanhan koulun ikkunoita rikottiin säännöllisesti ja sisälle rakennnukseen tunkeutuneet nuoret tyhjensivät erään kerran vaahtosammuttimien sisältöjä pitkin käytäviä. Syyskuun alussa 2020 satunnainen ohilkulkija huomasi vanhan rakennuksen rikkoutuneen oven, kurkisti sisään ja kuuli veden lorinan. Vesihana oli jätetty auki yhdessä luokkatiloista rakennuksen ylimmässä kerroksessa. Sieltä vedet olivat valuneet luokkahuoneen lattialle ja edelleen alas muihin kerroksiin. Vettä oli noin sentin kerros kolmessa eri kerroksessa sekä kellarissa. Pääkäytävät ja osa luokkatiloista olivat myös osittain veden vallassa. Pelastuslaitos imuroi veden pois lattioilta. Oli mahdollista, että vesihana oli ollut auki jo päiväkausia.